Historia

Constitúese o Club o día 12 de novembro de 1965, coa denominación de Club Atlético Koxtape sendo a súa finalidade a práctica do atletismo, de aí o adxectivo aplicado ao mesmo. O seu nome era en lembranza e homenaxe a Dona Pilar Sansinenea que tivo a feliz idea de bautizar con él a desaparecida pista de atletismo.

As dificultades nas que se atopaba a mocidade practicante, tanto de ausencia de instalacións como de medios materiais e económicos, animaron os integrantes do club a mudar de deporte, decatándose no comezo polo remo na especialidade de Banco Móbil no ano 1967. O remo era o deporte rei en San Juan pero a especialidade de banco móbil era unha faceta do remo que na vila non se practicara, e foi o noso club o que o puxo en andamento. O ter unhas instalacións para poder practicar, a baía pasaitarra, fixo que esta especialidade do remo se expandira e ademais que o club posteriormente comezara tamén a practicar o remo de banco fixo, en todas as súas modalidades.

De volta na Liga San Miguel, San Juan logrou subir esa mesma tempada ao terceiro lugar, convertíndose nunha das revelacións da campaña. Ademais, ese mesmo ano logrou a única bandeira oficial que o club rosa ten no seu haber. Cómpre lembrar que San Juan,  no ano 2003 se fixo coa primeira bandeira, a Bandera Ono, mais non era oficial e non tiña carácter puntuábel. Nestes últimos tres anos, nos que Joseba Fernández deu o relevo a Igor Makazaga, o club sanjuandarra mantivo unha liña regular nos seus resultados, logrando ano tras ano completar a súa traíña con remeiros formados na súa canteira. 

No 2015, o club sanjuandarra seguiu a estela de anos anteriores completando a traíña con remeiros formados na canteira, loitou con Kaiku por entrar na quenda de honra e lograr o cuarto posto na clasificación xeral. E malia desputar varias regatas como integrante da quenda de honra, o club kaikutarra impúxose á traíña de San Juan. Rematou a tempada en 5º posición con 138 puntos, obtendo a súa mellor posición nunha regata en segunda posición.

A tempada 2016 tivo un bo final para os rosas, conservando a cuarta praza na clasificación xeral e revalidando o trofeo CaixaBank ao mellor patrón da man de Endika Pérez e Unai Oliden, patróns de San Juan.

O 2017 non foi o mellor ano para San Juan,  en sexto lugar na clasificación; ao longo da tempada ocupou con regularidade quintos e sextos postos.